---
title: "Занятие 8"
output: html_document
editor_options: 
  chunk_output_type: console
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

## Задание 1

Подгрузим нужные пакеты: tidyverse и ggpubr.

```{r libraries}
library(tidyverse)
library(ggpubr)
```


## Задание 2

Прочитаем датасет про пингвинов.

```{r}
penguins <- read_csv("https://rstats-at-bio-msu.netlify.app/data/penguins.csv")
penguins
```

## Задание 3

Можем ли мы сравнить пингвинов по их весу с помощью ANOVA?

### Требование 1

Наблюдения независимые?


### Требование 2

Данные распределены приблизительно нормально?

```{r}
ggplot(penguins, aes(x = body_mass_g)) +
  geom_histogram() +
  facet_wrap(vars(species))

penguins %>% 
  group_by(species) %>% 
  summarise(shapiro = shapiro.test(body_mass_g)$p.value)
```


### Требование 3

Данные гомоскедастичны?

```{r}
penguins %>% 
  group_by(species) %>% 
  summarise(sd = sd(body_mass_g, na.rm = TRUE))
```



## Задание 4

Проведем тест на равенство всех средних/медиан. Нарисуем график.

```{r}
mass_anova <- aov(body_mass_g ~ species, data = penguins)
mass_anova

summary(mass_anova)
```

```{r}
ggplot(penguins, aes(x = species, y = body_mass_g, fill = species)) +
  geom_boxplot() +
  theme(legend.position = "none") +
  stat_compare_means(method = "anova")
```


## Задание 5

Какие виды пингвинов отличаются между собой по весу?

```{r}
pvals <- c(
  t.test(pull(filter(penguins, species == "Adelie"), body_mass_g),
         pull(filter(penguins, species == "Chinstrap"), body_mass_g))$p.value,
  t.test(pull(filter(penguins, species == "Adelie"), body_mass_g),
         pull(filter(penguins, species == "Gentoo"), body_mass_g))$p.value,
  t.test(pull(filter(penguins, species == "Gentoo"), body_mass_g),
         pull(filter(penguins, species == "Chinstrap"), body_mass_g))$p.value)

p.adjust(pvals, method = "bonferroni")
```


```{r}
TukeyHSD(mass_anova)
```


